空港に着いたらまずチェックインカウンター（チケットカウンター）か自動チェックイン機に向かいましょう。全体の流れでも書いたとおり、チェックインが省略出来る状態(ANA＝スキップ、JAL＝タッチ&ゴー)で手荷物預けも必要ないなら、保安検査場に直行できます。
チェックインカウンターは航空会社別に設けられています。自動チェックイン機も同じです。複数会社のコードシェア便の場合、予約した航空会社のカウンターで手続きします。例えば、羽田12:50発－新千歳行AirDo(エアドゥ)23便はANAとのコードシェア便で、ANAでは4723便となります。AirDo23便で手配したチケットはエアドゥのカウンターで、ANA4723便で手配したチケットはANAのカウンターで手続きとなります。
チェックインカウンターではまず、代金精算が終わってない場合は清算します。ほとんどのカウンターはカード決済／現金決済両方対応してます。株主優待割引を使って予約し、優待番号等の登録が終わってない場合は優待券の提出を求められます。
座席指定が終わってない場合は同時に座席指定をします。座席指定の時は、同行者で横並びの席がいい／窓側がいい／通路側がいい／前方がいい／後方がいい／非常口前(足元が広い)がいい、など希望をはっきり伝えましょう。希望どおりになるとは限りませんが(^.^;)
手荷物預けもチェックインカウンターで行います。ライターや危険物、壊れ物がないか尋ねられます。そして「到着空港でのお乗り継ぎはありませんか？」と聞かれるのが重要なポイント！乗り継ぎがある場合は、他社便であっても正確に答えましょう。渡された手荷物預かり半券は到着空港で必要になりますので失くさないようにしましょうね。
2015/07、羽田空港第2ターミナルに国内初の自動手荷物預け機(ANA Baggage Drop)が設置されました。これでチェックインカウンターに寄らず、自動チェックイン機と自動手荷物預け機で搭乗可能です。でもICカード対応マイレージカードかスマホアプリにチケットが紐付いてないとこれらのサービスは使えないので、初心者にはちょっと敷居が高いかもです。
（2018/06現在、ANA Baggage Dropは羽田空港第2ターミナルの他、新千歳空港にも設置されてます。JALにはまだ自動預け機がありません。）
（2018/06/03再掲載）（2015/12初回掲載）